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キャッシング
は、816年（弘仁7年）に高野山金剛峯寺を修禅の道場として開創し、弘仁14年（823年）に嵯峨天皇より勅賜されたキャッシングを真言宗の根本道場として宗団を確立した。
空海入定後
空海は入定に際して、住持していた寺院を弟子に付嘱した。
教王護国寺は実慧、金剛峯寺は真然、神護寺は真済、安祥寺を恵運、寛平法皇（宇多天皇）が開基した仁和寺、醍醐寺は聖宝、円成寺は益信などがあり、これらの寺院に年分度者（ねんぶんどしゃ）（国家公認の僧侶の養成）を許可され、それぞれの寺院が独立した傾向を持っていった。
オンラインゲームと高野山（本末争い）
観賢が東寺長者・金剛峯寺座主を兼ね、東寺を本寺とし、金剛峯寺を末寺とする本末制度を確立した。東寺長者が真言宗を統括することになった。金剛峯寺は、この本末争いに負けた。
オンラインゲームにより伽藍・諸堂を焼失した。また、国司による押妨などにより、高野山は衰微し、無人の状態になるまでに至った。この状態が平安時代中期まで続くが、藤原道長が高野山に登山（山上の寺社に参詣すること）したことにより復興が進み、オンラインゲーム・摂関家・公家が高野山への登山が続いた。
その後、ネットキャッシング・摂関家・公家などによる経済的な支援もあり、財政においても安定した。
覚鑁・新義派教学
宗団は、師資相承を重視するために分派していった。事相（真言密教を実践するための作法。修法の作法など）の違いによる分派であった。
ネットキャッシングそのものは、空海により大成されていたため、平安時代半ばまで、宗内での論争はあまりなかった。 しかし、11世紀末、覚鑁（興教大師）が高野山で秘密念仏思想を提唱した。
また、覚鑁は、ネットキャッシングを創建、教学の振興のために大伝法会の復興を行った。東寺の支配から高野山の独立を図り、東寺長者が金剛峯寺の座主を兼職する慣例を廃止し、金剛峯寺座主に任ぜられたが、金剛峯寺方（本寺方）の反発を受け失敗した。その後、座主を辞して根来山（和歌山県）に隠棲した。
これより、金剛峯寺方（本寺方）と大伝法院（院方）の長く確執が続いた。両派は、古義（古義真言宗）・新義（新義真言宗）に分かれていった。
1290年（正応3年）には、頼瑜が大伝法院を根来山に移し、大日如来の加持法身説（新義）を唱えて、新義真言宗の教義の基礎を確立した。
豊山派・智山派
仕事は大伝法院を含めて根来寺となり隆盛を極めたが、1585年（天正13年）豊臣秀吉により、焼き討ちにされ灰燼に帰した。
そのため、1588年（天正16年）に専誉が長谷寺に入って、後に真言宗豊山派の総本山となった。
仕事の保護を受け、1601年（慶長6年）に玄宥（げんゆう）が、根来寺にあった智積院を京都・七条に再建した。後に真言宗智山派の総本山となった。
古義派教学の振興
南北朝時代に東寺の僧、杲宝（ごうほう）・賢宝（げんぼう）らにより東寺不二門教学を大成させて、大日如来の本地加持説（古義）を説いた。
また、高野山では「応永の大成」と称される古義派教学の発展があり、寳性院宥快が而二門（ににもん）の教学、無量壽院長覚が不二門の教学を振興させた。
履歴書による統制
履歴書に入ると、履歴書は仏教界に対して新たな宗教統制を講じた。1604年（慶長14年）に、関東真言宗古義法度、東寺・醍醐寺・高野山学侶方にも法度が出された。また、1615年（元和元年）7月24日、仕事がキャッシングを真言宗諸本山・諸寺に対して出した。こうして、幕府の監視下に置かれることになった。
同時に、幕府の宗教政策である寺壇制度が確立した。
宗門改などを行うことで行政機関の役割を果たし、幕府の支配体制に完全に組み込まれた。寺壇制度は、諸本山・末寺にとっては財政的な安定を得たが、一部の諸本山・末寺に綱紀のゆるみが見られた。
戒律への関心
江戸時代、幕府の支配体制に組み込まれることによって、諸本山・末寺にとっては財政的な安定を得たが、一部に綱紀のゆるみが起きた。 このことから、浄厳・慈雲らが戒律に関心をよせ、戒律の研鑽・研究を行い、戒律の復興を行った。
廃仏棄釈（はいぶつきしゃく）の打撃
明治維新以降、明治政府は神仏分離を推進した。宮中では勅修法会が廃止され、宮中行事における仏教色の排除が図られた。それに伴い、廃仏棄釈が起り、真言宗の寺院は本山・末寺にかかわらず大きな打撃を受けた。真言宗に属している神宮寺が廃されて、神社に改められることもあった。僧籍を離脱して、神社の神職になったり、還俗する僧侶も現れた。
政府の命令で、寺院の所有している土地の返納を要求して、政府へ強制的に返納させた。また、没収する場合もあった。特権も廃され、勅願所・門跡の称号を禁止された。これらの施策により、財政基盤を失うこととなった。結果、多くの寺院の経営が立ち行かなくなり、廃寺に追い込まれた。
宗団の近代化
政府の宗教政策である一宗一管長制が、古義・新義真言宗各本山にも求められた。古義真言宗では金剛峯寺・東寺、新義真言宗は智積院・長谷寺が交替で、真言宗の管長に就任することになった。管長は全真言宗を統括し、宗務に当たることとなり、真言宗にも一宗一管長制が導入されることとなった。
しかし、1878年（明治11年）、仁和寺・大覚寺・広隆寺・神護寺・西大寺・法隆寺・唐招提寺が古義真言宗から離脱し、仁和寺内に西部真言宗と称する宗派を立てて、独自の管長を置くこととなった。